Структура Конфедерації побудована за галузевим принципом зі збереженням самостійності членів, що делегують частину своїх прав Конфедерації роботодавців для вирішення загальнонаціональних питань.

Конфедерація роботодавців України об'єднує Всеукраїнські галузеві об`єднання роботодавців створені відповідно до Закону України «Про організації роботодавців».

Всеукраїнські галузеві організації об`єднують обласні організації роботодавців певної сфери.

До обласних галузевих організацій роботодавців входять підприємства відповідної галузі.

Підприємство входить до структури Конфедерації роботодавців України опосередковано, через членство в обласній галузевій організації роботодавців і Всеукраїнській галузевій організації роботодавців – члена Конфедерації.

На сьогодні членами Конфедерації роботодавців України є:

Туристичних агентств, готелів та санаторно-курортних організацій

Всеукраїнське об'єднання обласних організацій роботодавців підприємств машинобудівної та металообробної галузей "Металіндустрія - Україна"

Oб'єднання організацій роботодавців медичної та мікробіологічної промисловості України

Всеукраїнське об'єднання обласних організацій роботодавців підприємств металургійного комплексу "Федерація металургів України"

Всеукраїнське об'єднання обласних організацій роботодавців у сфері телекомунікаційних та інформаційних технологій

Всеукраїнське об’єднання обласних організацій роботодавців у сфері будівництва, проектування та архітектури