Головні принципи за якими побудована Конфедерація:

Самоврядування
Конфедерація роботодавців України має демократичну систему управління, що закріплено Статутом. Всі її члени мають рівні права у вирішенні будь-яких питань діяльності Конфедерації. 

Незалежність
Конфедерація роботодавців діє незалежно від виконавчої влади та органів місцевого самоврядування, від профспілкових організацій та їх об`єднань.

Аполітичність
Конфедерація роботодавців України не приймає участі у діяльності будь-якої політичної партії або політичного руху. 

Демократичність
Статутом Конфедерації роботодавців України передбачена рівність прав всіх членів, добровільність членства та щорічна ротація Голови Об`єднання.

Добровільність членства
Кожне Всеукраїнське галузеве об’єднання роботодавців, створене відповідно до Закону України «Про організації роботодавців», може вступити до Конфедерації та має право у будь-який час вийти з неї.

Відповідність цілям
Конфедерація роботодавців України здійснює свою діяльність відповідно до задекларованих цілей та завдань, основними з яких є підвищення конкурентноздатності вітчизняних підприємств, представництво та захист інтересів роботодавців у реалізації економічної та податкової політики, у взаємовідносинах з державними монополіями, соціально-трудових взаємовідносинах тощо. 

Галузева структура
Структура Конфедерації побудована за галузевим принципом зі збереженням самостійності членів, що делегують частину своїх прав Конфедерації для вирішення загальнонаціональних питань.